霉菌污染问题的存在，使黑木耳袋料栽培长期不能取得突破性的进展，产量不稳定。必须选用合适袋料栽培、抗杂性强的品种，改进、提高制种和栽培工艺，施行以防霉为中心的综合管理措施，以期达到抑制和减少杂菌污杂、完成优质高产的目的。结合近年消费实践，介绍如下主要措施。
1、优质良种的选备良种是获得高产的首要条件，选用自分或外购全禾888（袋栽）、988、916、8803母种，其抗杂能力强，菌丝发育整齐、浓白、活力强，定植、封面快，培育条件相宜，以17×33×0.55cm菌袋所制栽培种30―45天长满袋。地栽选用能适期满袋、菌龄相宜、无杂菌浸染、无积黄水、菌丝体柱丰满、贴壁的菌种。
2、出耳场所及栽培方式的选择出耳场地宜选近水源、便于管理、远离污染源、背风、向阳的平缓地域（摞荒地、毛草坪较好）。
选择床式地栽。一般南、北向做台式床，宽1.2m，台高10―15cm，床面龟背形，上铺一层3―5cm厚的细沙或碎炉渣，床间作业道宽0.6m。于床上架距床面高45―50cm的棚架、摆放枝条、杂草类遮阳物，最好用遮光率80%―85%的遮阳网。棚下以架条拱起宽2m的薄膜，留少量膜边透气，不压实。顺床面布设1―2条幅宽5cm软质自动喷雾管，催芽期微孔口面朝下，润湿床面，待耳芽出齐、封住割口后，返微孔口面向上，雾化喷水管理。没自动喷水管，催芽期可侧沟内铺膜灌水，以宽膜罩沟保湿；出芽后侧向喷水。
3、摆袋出耳工夫的选择依据黑木耳生长、发育对环境条件的要求及本地气候变化规律，经反复栽培实践证明：为适季完成袋料营养生物转化周期，完成丰产，大兴安岭只适于反季节一茬栽培；南部地区相宜5月中、下旬进行畦床摆袋。划口摆袋应避开雨天、大风天，宜选雨后或早、晚清凉时作业。
4、坚持对病虫害以预防为主的管理摆袋前，对出耳场床面作杀虫、灭菌处理，喷施0.2%多菌灵或1%石灰液；菌筒划口前于0.3%高锰酸钾液或1%石灰液中整体浸蘸3―5分钟，进行袋膜外表及扎口处灭菌，去扎口绳（或去封口无棉盖体），将多余袋口膜塞入接种孔，塞紧，使膜体附实。倒置菌筒，使口端向下，以消毒刀片。在筒侧以“品”字形排列，按边长1.5―2.0cm、深化菌膜2―3mm，划“V”形口9―12个。将划口菌茼以10×10cm间距，浅穴倒置于床面，并及时将经过消毒的塑料膜，覆盖于拱架上。对遮阳物及床周围清洁管理，清除污染源。栽培过程中若菌丝体少部分污染，可剔除污染菌体，并涂2%石灰水处理；严重污染者及早清除。
