不要选病虫害严重的棉株对干枯、黄萎病的棉株和抗虫性不好的棉株肯定要淘汰(而在重病地表现良好的棉株则可以留种)。
不要选伏前桃和晚秋桃伏前桃和晚秋桃生长发育不良，成熟度差，铃重轻，种子发芽率低，长势弱，不宜选用。
不要用剥桃花的棉籽有些棉农对发育较为充分的伏桃，仍旧有剥裂嘴桃、摘湿花的陋习，由于其没有充分成熟，绝对不能留种。
不要用喷乙烯利的棉籽喷施乙烯利虽可促棉花早熟5～7天，但对棉籽损伤较大，致使其发育不全，不能做种。
不要用退化严重的品种棉花是常异花授粉作物，异交率在3%～20%，抗虫棉品种在经过几年的连续繁殖过程中，如果不加以提纯复壮，常因昆虫传粉而造成生物学混杂。对纯度不高的地块应避免留种。
不要选杂交棉品种在当前的科技水平下，杂交棉品种并不完善，且F2代的分离现象特别严重，应避免采用。
不要在水泥地面上晒在水泥地面上晒含水量较高的棉籽，会使部分棉籽形成哑籽，失去发芽能力。
不要与农药、化肥一起存放有些农户将棉籽与农药、化肥长期存放在一起，由于通气不良，且农药、化肥散发的毒气损伤棉籽正常的生理，造成发芽率锐减。
