一、严格选择种蛋
种蛋必须来自优良、健康的鸟群，选择种蛋时，先将薄壳蛋、砂壳蛋、钢皮蛋及过大、过小、过扁、过圆、污染面积过大的种蛋挑出。对刚产出的种蛋不宜赶紧入孵，要蹙贮存24小时以上，但最好不要超过6天，保存的温度以15℃为宜。若保存期超过6天，需要降低温度，保存种蛋的相对相宜湿度应为70%～80%，并注意贮存室的通风。种蛋保存时，应大头朝下，每天翻动1次。
二、完善卫生消毒措施
1．鸵鸟蛋贮藏室的消毒。每2天用消毒液擦地板1次，隔2周全部清洗、消毒，并用福尔马林溶液进行熏蒸。
2．种蛋的消毒。鸵鸟产蛋时，饲养员要用消毒纱布接住，然后送孵化室消毒，消毒剂量每平方米用37%的福尔马林42毫升，高锰酸钾21克，熏蒸30分钟。如果没有接住，用经消毒液浸泡的纱布擦去表面赃物，赶紧送孵化室消毒。入孵之前，用消毒药（温度不要超过40℃）浸泡20～30秒，然后用消毒过的干纱布擦干种蛋即可入孵。
3．孵化室的消毒。孵化室地板每隔2天用消毒药拖擦1次，墙壁、天花板每隔半个月用消毒药喷洒1次，1个月进行全面清扫1次。
4．孵化机的消毒。每次孵化之前，孵化机内外及表面用消毒药擦拭一遍，并用福尔马林熏蒸消毒。
三、相宜的孵化条件
1．相宜的温度。经验发现，室温在18℃～25℃时，如果采用恒温孵化法孵化温度控制在37℃效果最好，伴着室温的降低，孵化温度可恰当降低。也可采用变温孵化法，将孵化期分为前期、中期和后期，温度可分别控制为36.5℃、36℃、35.5℃，其相应相对温度分别为22%、23%、25%，并且种蛋可按大、中、小或重、中、轻3个档次，施行分机孵化，能提高孵化率和健雏率。
2．合适的温度。对于恒温孵化法，前期孵化温度可控制在20%～25%，转入出雏机湿度应相对提高，通常为30%～40%，后期湿度相对较高有利于雏鸡啄壳。
3．合理通风与凉蛋。胚胎发育需要新鲜的空气和充足的氧气，二氧化碳和各种有害气体不要超标，因此，应定期通风换气。鸵鸟蛋的体积较大，蛋壳较厚，尤其后期产热较多，应主要凉蛋。
4．准确的腐化操作过程。入孵时，肯定要使鸵鸟蛋的大头朝上，依贮存期、产蛋期分清批次，认真记录，尽量不要混孵，以免造成出雏的混乱，孵化过程中要翻蛋，孵化程序为：蛋的选择→消毒→贮存室→孵化室→入孵→消毒→出鸟→发鸟作业，避免交叉感染。
