鲟鱼抗病能力较强，发病率较低，但由于其骨板坚硬，鳃部分裸露，在人工环境下进行高密度养殖，因相互磨伤而轻易受到病虫害的感染。鲟鱼患病后用普通药物难以治愈，且鲟鱼对一般的常用药物特别敏感，这要求我们在鲟鱼养殖工作中，加强鱼病预防工作，方可将损失降到最低点。
水霉病
症状此病主要发生在子幼鱼阶段，在幼鱼体表擦伤处可看到灰白色棉毛絮状物，病鱼开始焦躁不安，伴着病情加重会游动迟缓，食欲减退以至停食，鱼体逐渐消瘦，最后瘦弱而死。
病因鱼体受伤或水质不良而引起体表感染，滋生水霉。
防治方法用生石灰水对养殖池进行清池可减少此病的发生。在捕捞、搬运、放养等操作过程中，尽量细心，避免鱼体体表受伤；及时对养殖池进行排污清污，保持养殖池水质清新；用1∶1配比的食盐和小苏打混合溶液对操作后的鱼体进行消毒，可预防此病的发生。每立方米水体中用2.0g五倍子煮汁淋洒；将抗菌素拌在饲料中投喂，药饵比为1∶100，连喂3天，可以治疗此病。另外可不运用药物治疗，用提高池水温度进行控制，效果也很好。
气泡病
症状病鱼腹部膨胀，鱼体弯曲，常浮于水面，游动缓慢、无力，上浮，贴边，只能稍稍进入水面以下，不能正常潜入水底摄食，鱼体失去平衡，时游时停。发病严重的肉眼就可以看到在口前两侧沟裂里面呈线型排列的很多气泡。有的表现为整个头部都充血，口的附近红肿，不能闭合。
病因水中氮气或氧气含量过饱和形成气泡，被吞入鱼体或通过鳃、皮肤而向血液扩散，使得鱼的肠、肌肉等组织内形成微气泡，再汇聚成大气泡。鱼苗期多发，该病常伴有眼外突、皮下出血及鳃部血管栓塞等症。
防治方法主要方法是先改善水质，以注排水的方式注水，解除水体中过多氮气或氧气。采用循环水过滤装置养鱼时，应经常更换和清洗过滤器。然后将病鱼放入浓度为1%的食盐水中浸泡，工夫视鱼体耐受情况而定，然后将病鱼放入清水中暂养，投喂时水位尽可能放低，以保证病鱼能吃到饲料。
肠炎
病症状病鱼腹部膨大，行动缓慢，不摄食，肛门红肿、突出，粪便中带脓，严重者脓中有血，无食欲，行动迟缓，死亡较快；剖开鱼腹可见局部发炎或全肠呈红褐色，肠里没有食物，肠壁弹性差。在患病严重时腹部膨大，有黄色黏液流出。
病因鱼体体质较弱，摄入变质饲料而导致的细菌感染。
防治方法加强饲养管理，保证水质清新，当水温达到25℃左右时，每隔10天～15天投喂抗菌素药饵1天～2天，并严格控制投喂量；发现病鱼后，采取内服与外用药物相结合治疗，可用0.6ppm漂白粉全池泼洒，1小时后换注4/5的新水，并保证水体每天交换1次。同时，连续6天投喂抗菌素药饵，每天100kg鱼体投放药物500mg，在药饵中加入过量大蒜汁，效果更好。
肿嘴病
症状此病在史氏鲟幼鱼期发生较多，为一种细菌性疾病，病鱼口部附近充血、肿胀，不能活动，体表伴有水霉着生，肛门红肿。
病因为鱼类摄入变质饲料所致的细菌性鱼病。
防治方法以预防为主，加强消费管理，不投喂变质饲料，及时清除池中残饵，定期换注新水；发现病鱼后及时捞出，防止其他鱼体受感染，并赶紧换注新水。对此类病鱼的治疗，目前尚未发现更好的有效方法。
氨氮中毒
症状鱼体体色慢慢变浅，严重者通身变白并透明，病鱼行动迟缓，严重者平卧池底不动，救治不及时可致死亡。
病因水体中有机物含量过高，水体腐败变质，致使氨氮含量超标所致。
防治方法及时清除池内残饵、粪便，坚持定期定量换水，保证水质清新；发现鱼病后，及时将鱼放在清新水体中，彻底清池并换注新水，停止投饲，待病鱼症状缓解后再放回原池中正常饲养。
锥虫病
症状与病因病原体为锥虫，病鱼行动迟钝，身体在水中呈“S”形或“L”形弯曲，常卧水底，不摄食，体色无光泽呈黑色，有时急剧在水中上下旋围，若不医治，3天～5天后死亡。
治疗方法青霉素G盐按5kg水体中加入药物20万～40万国际单位，每天1次，每次浸浴2小时左右。第1、2天用高剂量（40万国际单位），第3天后低剂量（20万国际单位），连续3天出现明显好转，约7天后恢复正常，并出现摄食。早期治愈率可达100%。
车轮虫病
症状与病因病原体为车轮虫。在鱼体和鳃耙上数量过多，寄生处黏液增多，直接影响生长，造成鱼体衰弱，游动迟缓，肠无食，严重者造成苗种大量死亡。
治疗方法将病鱼用50g/L食盐水浸浴1小时左右，转到流水池中饲养，病情可以好转而治愈。或用15%～25%浓度的福尔马林去除鲟苗鱼体和鳃耙上寄生的车轮虫。切忌运用硫酸铜。
斜管虫病
症状与病因斜管虫大量寄生在鲟体表、口腔、鳃部，大量寄生时可引起皮肤及鳃上有大量黏液，鱼体与实物摩擦，表皮发炎，坏死脱落，呼吸困难而死。
治疗方法越冬前将鱼体上的病原杀灭，尽量缩短越冬期的停食工夫，鱼开始摄食时，投喂营养丰富的饵料。水温在10℃以下时，全池泼洒硫酸铜及高锰酸钾合剂（5∶2），使池水成（0.3～0.4）×10-6浓度。
小瓜虫病
症状与病因肉眼观察，在躯干、头、鳍、鳃、口腔等处有小白点，同时伴有大量黏液，表皮糜烂、脱落，以至蛀鳍、瞎眼，患病鱼鱼体日益消瘦，游泳能力大大减低，且浮躁不安食欲减退，最后鱼窒息死亡。
治疗方法用50g/m3福尔马林溶液浸泡治疗较安全和有效。苗种前期不运用药物治疗，而是用提高池水温度进行控制，效果很好（温度控制在25℃以上，以28℃～30℃为好）。
三代虫病
症状与病因系投喂未消毒的水蚤造成，患病鱼苗症状为嘴部附近充血，鳃充血，体表有一层灰白色的黏液，鱼体失去光泽，游泳极不正常，鱼苗有缺氧浮头现象。
治疗方法放养前用（15～20）×10-6浓度的高锰酸钾水溶液杀死鱼体病原。
