菌核病是三叶草上重要病害，各种植区普遍发生，严重影响牧草产量。
症状在秋季表现为地上部的叶片、叶柄和茎上出现褐色病斑，很快软腐。次年春天，三叶草萌发时表现出该病的典型症状。病株生长缓慢，叶片卷曲，色淡并带有淡紫色。茎基、根颈及根部变褐、腐烂，潮湿条件病株很快死亡，病部出现白色絮状霉层。当土温降低、湿度减少时，病组织表皮脱落或表现为干腐，其上霉层变致密，并逐渐形成白色团块，后转为黑色粒状物，即菌核。
病原SclerotiniatrifoliorumErikss.称三叶草核盘菌，属子囊菌亚门真菌。菌核可形成于病组织表面或内部，表层为黑色拟薄壁组织，内部由白色疏丝组织构成，直径约3-15mm，多分布于土表至地下，7cm深的地下器官或土壤中，也可深达20cm。菌核萌发产生子囊盘。子囊盘黄褐色至棕褐色，具柄，呈漏斗状，顶部初闭合，成熟后张开呈碟状或浅杯状，盘上由子囊或侧丝紧密排列构成子实层。子囊圆筒状，160-185μm×12-15μm，内部8个子囊孢子排成一列或二列。子囊孢子单胞无色，卵圆形，大小为14-18μm×6-9μm。
发病特点病原菌的侵染循环开始于秋季或初冬，此时存在于土壤中或病株残体上的菌核萌发出子囊盘，成熟的子囊盘强力弹射出子囊孢子。一个子囊盘可形成10万个以上的子囊孢子。子囊孢子的放射可持续数周工夫，射程约4-10cm。孢子随风传播，至寄主的叶片或叶柄进行侵染。由气孔侵入，也可直接侵入寄主。菌丝在寄主体的细胞内或细胞间蔓延，并分泌毒素和酶，杀死寄主组织并使之分解，造成病株软腐或萎蔫。冬季，病原菌以休眠菌丝体在寄主上越冬，也可以菌核越冬。雪层厚时，寄主体内的菌丝仍可活跃生长，使病害连续发展和蔓延。次年春季被害植株的病组织上便产生大量菌核，越夏。到秋季，菌核萌发，又开始下一个侵染循环。菌核萌发前，需要休眠至少4周。菌核还往往混于种子中传播。病害侵染也可发生于地下，由菌核直接萌发出的菌丝进行侵染。此病在凉爽潮湿气候条件下发生，风行。相宜病害发展的温度范围为13-18℃，夏季气温升至25-27℃以上，病情停止发展。菌核萌发适温为16℃。土壤PH5.5时最适于此菌生长，但病菌对土壤酸碱度的顺应范围很广。砂壤土有利于此病的发生。尿素可抑制菌核的形成。
防治方法
（1）因地制宜选育和种植抗病品种。
（2）加强田间管理。
适期播种，合理密植；科学施肥，增施磷钾肥，提高植株抗性；多雨季节注意排水，避免草地积水；草地发现病株及时拔除，并集中处理；秋季刈割后耙地或放牧，使菌核埋入土表5cm以下，可抑制其萌发产生子囊盘，重病草地应深犁，并在4-7年内不种植主要寄主植物。
（3）药剂防治。
及时喷药保护，常见的乙烯菌核利，能使菌核细胞破裂。市售的50%农利灵可湿性粉剂，每667m2用量75-100g，兑水喷雾，每周1次，连用3-4次，基本可以控制。还可选用25%扑海因悬浮剂，每667m2用量66-100g，兑水喷雾，同样能收到防治效果。
常用药剂乙烯菌核利、农利灵、扑海因
