柑桔类果树在长期嫁接繁殖过程中，往往积累感染一种或几种嫁接传播性病害。这些病害分别由病毒、类病毒、类细菌、螺原体和类菌原体引起。其中有的病害导致柑桔树势严重衰退、产量陡降以至死亡，风行时可以毁灭整个桔区，例如黄龙病、衰退病和来檬丛枝病；有的引起树势衰弱、产量明显下降，例如裂皮病、碎叶病和温州蜜柑萎缩病。对某些病害，应用耐病砧木可以防止为害，但使一些具有多项优良园艺性状而不耐病的砧木无法应用。
这类病害除通过嫁接传播外，有的还由昆虫传播，如黄龙病由柑桔木虱传播，衰退病由蚜虫传播，来檬丛枝病初步证明由叶蝉传播；有的亦能通过工具传播，如裂皮病和碎叶病。一般来说，病树的种子不传病。因此，在实生繁殖年代，柑桔较少感染非虫传病害。因为当时即使受感染，也能通过种子繁殖而阻止病害蔓延。而施行嫁接繁殖后，病害就不受阻碍、代代相传。目前，华南暗柳橙和新会橙等甜橙品种普遍感染裂皮病，部分感染碎叶病，而西南的锦橙少部分感染裂皮病，极少感染碎叶病。这可能与锦橙的嫁接繁殖历史短有关。
应用无病毒苗木对防治非虫传病害有决定性作用，大面积应用无病毒苗木亦能在相当程度上遏制黄龙病蔓延。因此，培育、应用无病毒苗木是病害防治的基础。在无病毒苗木培育技术上，经历了一个从目测选择树龄较大的无病状植株作母树，到用指示植物鉴定选择无病毒母树，再到应用茎尖嫁接脱毒建立无病毒母本的过程。
70年代末，美国在原有工作的基础上采用茎尖嫁接脱毒或热处理-茎尖嫁接脱毒技术充实、发展了柑桔无病毒苗木繁殖体系，其后，西班牙等国纷纷起步。建立柑桔良种无病毒繁殖体系已成为柑桔栽培技术现代化的重要标志。
建立柑桔无病毒苗木繁殖体系大体有6个环节：①选定当地适栽品种的优良单株，并根据病害发生情况确定要防除的病害种类。②鉴定明确中选优良单株感染病毒病的种类，采用相应的脱毒方法。③应用茎尖嫁接脱毒技术或热处理-茎尖嫁接脱毒技术获取优良单株的无病毒后代。④在网室保存优良单株的无病毒后代，以备田间无病毒母本丧失时采穗育苗补充。⑤建立隔离的母本园，种植优良单株的无病毒后代，用作母本。定期鉴定母本树的园艺性状和再感染病毒病的情况，淘汰劣变株和再感病植株。⑥建立隔离的苗圃，应用母本园的材料繁殖无病毒苗木。为扩大繁殖，苗圃可设采穗圃。采穗圃限期运用。此外，为了保证苗木质量，农业行政部门对母本园和苗圃施行注册管理，苗木带标签出售。
与常规育苗相比，无病毒苗木消费的特点是母本经过鉴定和脱毒处理，并采取母本园、苗圃与其他柑桔园隔离，母本树定期再鉴定和采穗圃限期运用等措施，防止母本树再感病和避免用再感病植株作母本，从而使苗木的无病毒状态得到保证。
通过鉴定和脱毒要求防除的病害种类，各国不同。一般要求防除当地发生的病害；从国外引种时，亦要求防除该国发生的病害。四川、湖南和重庆等省、市的柑桔良种无病毒繁殖体系建设中，除要求无植物检疫对象黄龙病和溃疡病外，还要求无裂皮病和碎叶病。有的还要求无温州蜜柑萎缩病。而衰退病则一般不列为防除对象。
母本园、苗圃的隔离，在有黄龙病发生的地区，要求远距离隔离。一般来说，母本园要与其他柑桔园相距5公里以上，苗圃则要求相距2公里以上，以尽量减少媒介昆虫侵袭的机会。除远距离隔离外，亦要施行工具隔离。在非虫传病害发生区，如四川和湖南，主如果要求工具隔离，即工具专用，人员在操作前擦肥皂洗手，嫁接刀和修枝剪在运用于同一母树材料后消毒。
经鉴定、脱毒的植株在母本园定植后，应每年调查田间发病情况，并用指示植物鉴定虫传病害，每3～5年鉴定非虫传病害。如发现受感染植株赶紧予以淘汰。母本树定植后定期鉴定合格是保证苗木无病毒的关键。因为经鉴定、脱毒的母树定植后，如隔离条件有所欠缺，就会有病害再度感染，因而未经定期鉴定合格的母树所繁殖的苗木无法被确认是无病毒苗木。
苗圃繁殖无病毒苗木的接穗必须采自本体系的母本园。为了加速繁殖，苗圃可设采穗圃。为防止可能的病害再感染和变异造成损失，采穗圃应限期运用。如美国加利福尼亚州限用18个月，我国四川省限用3年。
在柑桔无病毒繁殖中，要重视贯彻措施的全面性和规范性。因为只有全面、规范地采用无病毒繁殖措施，所消费的苗木的无病毒状态才可以得到保证。否则就无法确认，因而所消费的苗木也就不能列为无病毒苗木。值此我国柑桔无病毒繁殖的起步阶段，鉴于列入柑桔良种无病毒繁殖体系生产的苗木数量还不能满意消费发展的需要，在裂皮病、碎叶病发生区，选用10年生以上、用枳作砧木的健树或用国内、外经鉴定脱毒的植株作临时性无病毒母本，可以较广泛地满意当前消费发展的需要，亦有利于柑桔消费无病毒化的发展。但与此同时，我们应抓紧无病毒繁殖体系建设，以期尽早用规范的无病毒母本取代临时性无病毒母本。
为了保证无病毒苗木消费的规范化，建议农业行政部门及早制订有关柑桔良种无病毒繁殖的注册管理方法。如果各重要产区省坚持柑桔无病毒苗木的规范化消费，预计十几年后，全国可以有80%以上的新栽园采用无病毒苗木，从而使我国柑桔消费进入一个新的阶段。
