为了促进藏獒的选育、提纯和品质改良，仅仅重视对藏獒的选择是不够的，还必须注意并加强藏獒的配种。但不是藏獒在原产地的自然交配，而是人们有目的、有意义地选取在性状表现、性能特征乃至亲缘关系等方面有肯定特色的公母犬进行交配。
选配不仅可以巩固父母本藏獒在某些方面的性状遗传，更可以创造和培育出优良的藏獒个体。这种交配方法或交配形式称为藏獒的选配。藏獒的选配有以下几种类型。
一、等级选配
即按藏獒综合评定等级标准对与配公母犬进行等级评定，确定公母犬的等级后，再确定公母犬的配对或交配。通常公犬的评定等级应高于母犬，每世代主配公犬应达到特级，不低于一级。
而基础母犬或称为与配母犬应达到一级，个别具备独特性能或特征母藏獒容许二级。公犬的等级按特级或一级要求，原因在于公犬影响面大。选择品种性能或特征优良的公藏獒配种，利于提高犬群的整体水平，并使犬群性状整齐，表现一致。
二、保持血统
保持血统的意义在于保持以血统为特征的不同犬类型。据调查，藏獒有6种基本毛色，并各自在头形、嘴形、尾形、被毛分布、气质品位等方面具有特色。
按血统选择公母犬交配，可以有效地把不同血统公母犬所具有的性状与特征集合在一起，创造出理想的藏獒个体，也可以把各血统藏獒所具备的优良性能和特征稳定下来，保持下去。
保持血统选配方法与按家系留种的方法应科学结合运用。
一方面按家系留种，规定在世代更替中，必须为每只种公犬留有1个儿子，以连续其血统。也规定为每条母犬留1个女儿，以保持其遗传性。这样可使各家系的特征得以保存。
另一方面，并不排除各血统间或血统内公母犬间的交配。就后者而言，容许有肯定范围和程度的近交。
为使某一家系藏獒独特的品质性能得到扩展或稳定遗传，或者为剔除某一血统可能存在的隐性缺陷，最有效的方法就是在该家系藏獒中施行肯定程度的亲缘交配，即近交。
据测定，藏獒有极强的抗近交能力，运用近交系数3.125％-12.5％的近交形式，诸如姑侄、叔侄、以至半同胞交配，可有效地在后代藏獒中再现出类拔萃的祖先个体的形态和特征，后代藏獒在生活力、抗病力、顺应性及生长发育等方面并不表现出衰退。
现实上，藏民群众也认为“有亲戚关系的狗交配，狗娃表现好”。进而言之，遍查世界所有家畜、家禽的育成历史，几乎都不同程度地运用了近交。近交可以促进性状基因的纯合，巩固性状的遗传性，揭露有害基因，并有效地形成犬群的整齐一致。
所以，只要有明确的目标和准确的措施，灵活的方法，严格选种，就不仅能防止近交可能引起的不良后果，做到近交不衰退，并可以尽快地建立性状稳定、品质纯正的藏獒群。理论上也可以说明，在藏獒品种形成的近千年历史中，经历了青藏高原严配，自然环境的磨练和藏民群众极端严格的选择。
在藏獒种群中，应当说，隐性有害基因表现的可能性很小，凡有不良表现的个体都会被淘汰，保留的个体，几乎不携带隐性不良基因。因此，在近交中隐性不良基因重合的可能性就更低，即使近交也很少表现衰退。但这种交配却能最有效地促进决定优良性状基因的纯合，固定优良性状并保存某些优良个体的血统，将某一特别优良藏獒的品质性能尽快变成群体所共有，完成创造和培育优良藏獒的目标。
三、品质选配
这种交配方式是根据与配公母犬的品质对比而决定是否交配。即选取在性状表现、性能特征、气质表现以及与顺应性有关的性状上相同或不相同的个体进行交配。
前者称为同质交配，后者称为异质交配。这两种交配方法有时单用，有时同用。即根据与配公母犬在体型、外貌、体质、体尺以及毛色等方面的表现，有时可以进行同质交配，有时可以进行异质交配；有时可能先同质，后异质；也可能某几个性状上是同质，另外的性状上却可能是异质。
针对藏獒在头形、嘴形、耳形以及骨量和毛色等方面的表现来决定。进行品质交配应有计划，计划应尽可能详细。
如果是异质交配，公犬应在体尺、头形、嘴形、耳形和骨量上有优势，表现出类拔萃。母犬在体长、体高、繁殖力等方面有良好表现。这样的公母犬交配，后代一般会连续父母双方的长处，形成优良性状性能。在头形、嘴形、耳形和骨量等方面像公犬，而在体高、毛色与繁殖性能方面似母犬。
同质交配则要求公母犬在头形、嘴形、骨量、毛色方面具有相似的长处，交配后可使这些性状得到巩固和遗传。
品质交配的难点是根据毛色进行公母犬配对。藏獒有6种基本毛色：纯黑色、铁包金色（又称“四眼”或马鞍色）、红棕色、杏黄色、纯白色和狼青色。
除此之外，还有很多其他中间毛色。毛色遗传表现特别复杂，决定该6种毛色的基因是复等位基因。即在决定毛色的染色体的同一位点上至少存在着6对等位基因，这些等位基因之间存在着显性、等显性、无显性等不同关系。
例如，黑色公犬交配红棕色母犬，后代有黑色、红棕色、巧克力色（底毛是红棕色，毛尖呈红黑色），呈无显性遗传。如果用红棕色公犬与黑色母犬交配，即反交，后代中除出现黑色与红棕色幼犬外，还会有狼青色个体出现。
关于藏獒的毛色，除受到遗传制约外，也随年龄发展而变化。除纯黑色、四眼毛色犬外，其他如红棕色、杏黄色藏獒在幼小阶段都表现着色程度不同的青灰色胎毛，3月龄左右，胎毛逐渐褪去，开始出现黄色或红棕色。
判断足月小犬未来颜色最重要的部位是耳后的毛色。根据耳后的毛色基本可以确定一生的毛色。在藏獒中所占比率最高的四眼毛色，虽然生来具有，但眉斑有大小，颜色有深浅。标准的四眼毛色应当为眉斑大而圆，斑缘整齐、明白，颜色以红色最佳，黄色较好，白色四眼较差。
