主要为害鳞茎,也侵染叶和花。鳞茎染病后,初期产生不规则形、浅褐色斑,后呈浅黑褐色,稍凹陷,最后病斑近乎黑色,组织收缩干腐。以外层鳞茎受害最重,逐渐向内层扩展。叶片受害,产生椭圆形、淡黄色病斑,边缘黑褐色,稍凹陷。
百合炭疽病菌以菌丝在受害部位越冬,翌年产生分生孢子,借风雨传播。土质粘重,含水量大的地块;百合螨多的地块;连年种植,病残体多的地块均发病较重。
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