伴着东北地区香菇栽培面积的不断扩大，香菇品种也在逐年更新。组织分离方法是一种香菇无性繁殖方法，这种分离母种方法，操作简便，其繁殖的后代变异小，能保持原菌株的优良特性，因此大多数科研院校及制种单位，在品种审定后，都采用这种方法来保持菌株的优良种性，并用其原始母种扩繁原种及栽培种，并应用于消费。一般3～4年后，菌株才开始逐渐表现出衰老退化现象。
1.分离用种菇的选择在优良品种出菇选择单菇重量大、菌盖圆整、菌柄细短、菌肉厚实、颜色鲜、有鳞片且无病虫害的单菇，要求开伞度在7～8分正处在正常生长中的种菇。
2.种菇的消毒处理选好的种菇带入接种室内，剪去菇根，用消毒镊子夹住菌柄，并用1%的升汞水或用75%的医用酒精擦拭消毒2～3遍，然后将分离用工具用常规法消毒后移入无菌分离区。
3.分离种菇的组织块在无菌条件下，用酒精擦手消毒后，用手纵向将种菇掰开，飞快用接种刀将掰开菇的菌盖和菌柄的交界处菌肉上横划两刀，并在划口中间每隔2毫米竖划一刀，及时用镊子夹取组织块，飞快接入试管斜面培养基中间部位，并用镊子稍压一下，以保证组织块与培养基充分接触。
4.母种的培养接种后将试管放在温度23～25℃的培养箱中，经2～3天，可见组织块周围有灰白色放射状的菌丝，再过1～2天菌丝开始蔓延到试管斜面上。大约12～15天菌丝可长满整个试管，选择菌丝洁白粗壮、整齐一致平铺于斜面上的试管留作母种，其余淘汰。母种经低温复壮后就可以扩繁原种、栽培种及进行出菇实验。
