香菇实体生长过程中，经常出现“蜡烛菇”（有柄无盖）、“松果菇”、“荔枝菇”（菌盖结团无菌柄或不开伞），这就是香菇的畸形变异菇，属于生理性病害。防治方法有以下几点：
1、了解菌性，防止引种失误。栽培前必须先弄清菌种特性，因地制宜选用合适的品种，合理安排接种季节，推算预定的接种工夫。
2、了解菌丝成熟特性，防止盲目脱袋。脱袋过早，菌丝未达到生理成熟，变异菇就多。菌丝生理成熟应把握“一个菌龄、三条标准”。“一个菌龄”就是从接种之日起，经过60天左右；“三条标准”就是袋内瘤状突起的泡状菌丝占整个袋面的2／3，局部出现棕褐色，手握菌袋有松软弹性感，这时脱袋才相宜。
3、把握转色规律，防止温度失控。转色期间要注意气温变化，开始的3天在25℃以内，菇床上的盖膜不必揭开通风。在正常情况下，12天转色结束，3天后出现第一潮菇。转色要求温度不低于12℃，不高于25℃。出菇最佳温度为15℃。
4、把握变温原理，防止温差刺激不够。变温恰当，出菇多，形态好，无畸形菇。准确的变温方法：白天用薄膜罩住菇床，晚上12时以后揭开薄膜1小时，使日夜温差在10℃以上，菇蕾大量发生。一切在转色后连续变温3－4天。
5、及时过量浸水，防止水湿过早过低。菌筒含水量低于40％时，出菇难，小菇多，一般以菌筒的重量比原来下降30％时，即可进行浸水，以吸水后达到制袋时重量的95％就充足了。若吸水过饱，轻易造成菌丝呼吸困难，影响正常长菇。
6、催菇方法要恰当，防止偏干偏湿。每采完一批菇后，必须揭膜通风6－7天，使菌丝吸收充足的氧气，以恢复生长能力，然后转入喷水保湿，干湿交替，催促第一潮菇蕾发生。
7、适时采收，防止过熟。在菇盖有卷边、菇柄适中时采收，每天采菇一次，到春季产菇高峰期，有时每天需要采菇2次。总之，要精于管理，勤于管理，不断总结经验，取得较高的经济效益。
