1.运用劣质菌种：菌龄过长或过短，菌种退化，菌丝生活力弱，抗逆性差，或菌种长工夫在温度过低、过高的环境中存放，都会出现播种后不萌发，菌种块菌丝萎缩的现象。
防治：选用适龄、优质菌种，并确保培养过程中温度不要过低。
2.培养料温度控制不当：当气温较高、培养料偏厚、菇房保温性能较好时，播种后培养料内温度较长工夫超过42℃，会导致菌丝萎缩、死亡，造成烧菌；当温度偏低或昼夜温差过大时，也会引起菌丝生长缓慢、萎缩。一般菌丝生长期料温不能长工夫低于30℃，低于28℃虽然菌丝会生长，但产量不高，以至不出菇。
防治：播种后，密切注意菇房内温度及料温，温度过高，要通风换气降温，也可空间喷雾、地下倒水。温度低时要及时保温、加温。
3.培养料水分控制不当：栽培草菇时，因培养料偏干而引起菌丝生长不正常的现象较少发生。但含水量过高，超过75%，或薄膜覆盖过严，培养料不透气，加上菇房通风条件不好，菌丝会因缺氧等萎缩或自溶。
防治：培养料处理按宁干勿湿的原则，喷“出菇水”时再恰当增加喷水量。
4.调水不当：调水时，水温过低，水流过猛，水量过大，菇蕾太小、通风不及时，引起菌丝萎缩、死亡。
防治：调水时，水温必须在25℃以上。若料温偏低，水温最好在30℃以上。
5.杂菌与害虫危害：竞争性杂菌与草菇菌丝争夺营养。害虫如线虫、螨、菇蝇幼虫会蚕食菌丝并引起杂菌、病毒感染，导致菌丝萎缩死亡。
防治：二次发酵要彻底；将菇房内的杂菌、害虫杀灭；选用优良菌种；保持菇房周围环境卫生。
6.药害：播种后，有的菇农在防治病虫害过程中，因运用药物不当、浓度过高、运用量过大等不当操作，或喷水的容器装过农药未洗干净，或在料中添加了过量的尿素而产生重氨料，都会导致药害造成菌丝萎缩、死亡。
防冶：在运用药物前，肯定要对症下药，并细心阅读运用说明；喷水的容器必须与喷农药的容器分开运用。
