危害香菇消费的杂菌种类很多，常见的有木霉、青霉、链孤霉及曲霉等，菌袋受到侵染，轻则减产，降低质量，重则绝收，造成巨大的经济损失。
1.木霉：木霉是绿色霉菌，菌丝纤细，白色透明，有分枝、分隔，菌落初期呈白色斑块，产生孢子后逐渐变为绿色，木霉的孢子梗呈松塔状，长在菌丝的短侧枝上，常作2―3级分枝。
木霉广泛分布于各种腐木、植物残体、土壤和空气中，顺应性强，在4―42℃范围内都能生长。
防治方法：菌袋料面发现木霉，可用2%甲醛+5%碳酸混合液或者0.1%的多菌灵溶液，施于受害部位.如果菌筒1/3被侵害时，可用刀切除污染部分，切口处用多菌灵溶液涂抹。
2.青霉：青霉在自然界分布广泛，菌丝前期呈白色，3天后产生青绿色孢子，孢子长在帚状的孢子梗上。青霉一般侵染培养料表面，出现形状不规则。大小不等的青绿色菌斑，并不断蔓延，宜适温度为20―27℃。
防治方法：加强通风，降低温度，控制发生。若局部发生时，可用5―10%石灰水涂刷或用40%甲醛溶液注射，也可用消毒液注射处理，进行封闭。
3.链孢霉：链孢霉菌丝生长疏松，呈棉絮状.白色，分生孢子成串挂在气生菌丝上，呈橘红色。
链孢霉广泛分布于自然界土壤中和禾本科植物上，蔓延飞快，传播力强，相宜温度20―30℃。
防治方法：①发现链孢霉污染，由于极易扩散，不要轻易触动传染物，要用纸或塑料袋裹好后消毁或灭菌。⑨降低培养室温度，加强通风。③菌袋制作时.加入40%的多菌灵，按0.1―0.2%配量掺加料中拌匀。④菌袋发茵初期受害，应及早向发病处注射托布津或500倍甲醛稀释液或者在分生孢子团上滴煤油、柴油等。
4.曲霉：曲霉的菌丝较粗短，菌丝初期为白色，以后则出现黑黄、棕、红等颜色，相宜温度25℃。
防治方法：首先要加强通风，增加光照，控制空气相对湿度。造成不利于曲霉生长的环境。污染严重的.可喷洒1：5000倍的托布津或多菌灵溶液。
5.毛霉和根霉：毛霉和根霉菌丝发达，不具隔膜.以孢囊孢子进行无性繁殖，菌落初为白色或灰白色。毛霉和根霉的形态结构基本相似，但毛霉无假根和葡萄菌丝。毛霉和根霉在土地、粪便、生霉材料、杂草及空气中到处存在。
防治方法：加大香菇菌种接种量，造成菌种优势。通风换气，降低空气相对湿度。一旦发生，可用75%酒精注射患处。
