香菇培养基多采用常压高温灭菌的方法，达到杀灭有害生物的目的。(1)袋料灭菌：将装好料的袋子装人灭菌灶内，常压灭菌。料袋进灶前，先将蒸锅内加足水量，料袋装灶时不能装成“品”字形，要自上而下重叠排放，排与排留有空隙，使气流上下畅通。袋进仓后，赶紧大火猛烧，使温度在6小时内飞快上升到100℃，并持续20―24小时，中途不能掉火。做到“攻头、保尾、控中间。”达到灭菌要求后，要把仓门打开一道缝，让热气缓缓散出，当仓内温度降至60℃以下时，方可趁热卸袋。(2)发菌室灭菌：熏蒸法是在接种室运用前2―3天，把出锅用的工具放人室内，密封门窗，达到不漏气，地面可泼少量水，然后点燃硫磺1-1．5千克，硫磺气体见水后生成二氧化碳，熏蒸20小时以上，既可灭菌，又可杀虫、杀螨、驱鼠。料袋进入接种室后，当袋温降到30℃以下时，把菌种接种用的工具及桌凳全部放入室内，用甲醛进行第二次熏蒸消毒，每间房用量为1-1．5千克，放进小锅或盆内加热蒸发。使之全部气化，8-10小时后，即可达到消毒目的。接种方法一般用枝条菌种：接种时一般2人1组；1人拿菌袋用酒精棉呈直线擦过去，另1人左手握着菌种瓶口端，让尖端垂直插入袋内，齐端留在外面3―5毫米，不得插歪，以免感染杂菌。每袋“品”字形接3行，每行等距接3穴，1瓶菌种接10袋。接过种的菌袋按“井”字形堆高5―6层或整齐地排放在培养架上。然后每间用500克甲醛泼在空间，密闭门窗，进入发菌期管理。
