一、绿霉菌（一）危害症状及病因。危害初期呈白色，后期呈绿色，菌落中心为深绿色，由内向外逐渐变浅，严重的使菌袋培养基全部变黑绿色、松软、发臭。发病主要原因是培养料灭菌不彻底；接种时没有达到无菌操作；菌袋封闭不严；长期通风不良，相对湿度过高；在15℃～30℃及偏酸性环境中易发病。（二）防治措施。1.培养料灭菌要彻底，培养料预湿要均匀。2.接种时严格执行无菌操作。3.运用甲醛等酸性消毒剂时不要过量，以免造成酸性环境。4.在菌袋表面发现绿霉菌，可用75%的酒精溶液或2%的甲醛和2%的石碳酸混合液装入针筒中，注入受害处。5.若脱袋后在菌筒上发现绿霉菌，可用石灰浆涂抹于受害处。
二、链孢霉菌（一）危害症状及病因。菌丝初为白色，后逐渐变为橘红色，传播速度极快。这种杂菌易于在高温高湿条件下发生。菇房湿度过大或培养料灭菌不彻底经常发生。（二）防治措施。1.配制培养料时用50%的多菌灵800倍液拌料能有效控制链孢霉菌。2.接种时严格无菌操作。3.菇房内菌袋排叠环境要干燥，防潮，防高温。4.一旦发现链孢霉菌可用石灰粉盖在受害处，并用浸过0.1%的高锰酸钾溶液的湿布包上拿到远处深埋，以免污染菇房。
三、青霉菌（一）危害症状及病因。菌丝前期为白色，后转为青绿色、蓝灰绿色。相宜在20℃～25℃和酸性环境中生长繁殖。（二）防治措施。1.加强菇房通风，降低湿度。2.局部发生可用40%的甲醛溶液或5%～10%的石灰水冲洗受害处。
此外，还有毛霉、曲霉等杂菌，防治方法：一是处理好菇房的温湿度、空气质量之间的矛盾，尽可能创造利于香菇消费发育的环境条件，造成香菇的生长优势，抑制杂菌的生长。二是加强通风，降低空气湿度。三是培养料要彻底灭菌，接种时严格消毒，保证无菌操作。四是搞好环境卫生，减少空气中杂菌孢子的密度，能减少杂菌污染。五是菇房经常用0.2%的肥皂水或5%的甲醛溶液或50%的多菌灵500倍液等交替喷洒，以防环境和空气受到杂菌的污染。
