砧木的一致性对提高芒果产量和品质是很重要的，过去强调采用单胚品种作砧木，但单胚苗是有性苗，生长表现差异很大，果园内不同植株生长和产量的巨大差异很可能因砧木而引起。因此，应经过实验后选用多胚品种的种子培育砧木苗。过去多推荐用果较小、果肉少、品质较差但胚充实饱满的土芒作砧木，这些土芒多为单胚，生长强壮，由于上述原因作砧木并不理想。
实生苗主要用作砧木或育种实验。培育实生苗所用的种子应来自同一品种，采自成熟的果实，种子要饱满、无病、无虫。要尽可能快地取出播种，因为芒果种胚对失水敏感，一经干燥，发芽力飞快降低。
种子要剥去纤维质的皮和膜质层，用0.1%高锰酸钾液浸1分钟，取出晾干即可播种。播种基质最好用中粗河沙或蛭石，沙床厚度30厘米。如果是已用过的苗床，则要用1%福尔马林水溶液喷洒透，用塑料薄膜覆盖24小时杀菌，再晾24小时散尽气味。种胚也可在暗处保湿使胚芽萌动后再播下。
播时种胚平放，单胚则使胚芽朝同一个方向，紧密排列，行距15厘米。播后覆盖一层2厘米厚的河沙或蛭石。如不盖塑膜保湿，气温高、空气湿度低时，须每日淋水。如盖膜遮荫保湿，可3-5天淋水一次，以不干燥为度。在广州，6-10月间播种，15-20天小苗便可出土，一般在具3-5片红叶时移栽于育苗地。多胚种子每个可分出3-4株苗，大小苗应稍加分级，并剔除弱苗。单胚种子苗移植工夫可稍迟。
为培育优质苗木，最好采用长度30-40厘米以上、装土3公斤以上的育苗袋培育砧木苗供嫁接。因为芒果须根少，袋装育苗有利于移栽成活。在苗圃地育苗的，要选较粘质土，以便起苗时轻易带上泥团。在移栽时须剪去部分主根，留下10厘米左右，或把主根盘绕起来，以促侧根发生。育苗袋的土质可稍砂，但因施肥不如地里方便，故应混入足量的腐熟有机肥，以保证根系良好发育。
